Una grande differenza tra il dominio Eukarya e i batteri di domini e Archaea è la presenza di un nucleo .

* Cellule eucariotiche (Domain eukarya) hanno un vero nucleo racchiuso all'interno di una membrana, dove viene immagazzinato il loro materiale genetico (DNA).

* Cellule procariotiche (Domati batteri e archea) mancano di un nucleo. Il loro DNA si trova in una regione chiamata nucleoide , che non è racchiuso da una membrana.