1. Record fossile: Ciò fornisce un record diretto della storia della vita sulla terra. I fossili mostrano come gli organismi sono cambiati nel tempo, con forme più semplici che appaiono in precedenza nella documentazione geologica e forme più complesse che appaiono in seguito. I fossili di transizione, che mostrano stadi intermedi tra specie diverse, sono prove particolarmente forti per l'evoluzione.

2. Anatomia comparativa ed embriologia: Il confronto con l'anatomia e lo sviluppo embriologico di diversi organismi rivela sorprendenti somiglianze, anche tra specie apparentemente non correlate. Questo suggerisce un antenaggio comune. Ad esempio, la struttura ossea di un braccio umano è notevolmente simile a quella di un'ala di pipistrello, una pinna di balene e un'ala degli uccelli, che indica la loro origine evolutiva condivisa.

3. Biologia molecolare e genetica: Lo studio del DNA e di altre molecole rivela la relazione genetica degli organismi. Più sono simili le sequenze di DNA di due specie, più recentemente hanno condiviso un antenato comune. Questa prova molecolare fornisce un potente strumento per ricostruire le relazioni evolutive, anche nei casi in cui la documentazione fossile è incompleta.

Queste tre aree di evidenza, combinate con altri come la biogeografia e l'osservazione diretta dell'evoluzione, forniscono un corpus robusto e schiacciante di supporto per la teoria dell'evoluzione.