* Membrana esterna: Questa membrana è liscia e permeabile alle piccole molecole.

* Membrana interna: Questa membrana è fortemente piegata in Cristae, che aumentano la sua superficie. È meno permeabile e contiene molte proteine ​​coinvolte nel trasporto di elettroni e nella produzione di ATP.

Lo spazio tra queste due membrane è chiamato spazio intermembrana , mentre lo spazio racchiuso dalla membrana interna è chiamato matrice .