Sebbene non abbia effettivamente scoperto le cellule, è stato il primo a osservare e descriverle nel 1665. Esaminò sottili fette di sughero al microscopio e osservò piccoli scomparti che chiamava "cellule" a causa della loro somiglianza con le cellule di un monastero.
Tuttavia, è importante notare che Hooke ha osservato le pareti cellulari delle cellule vegetali morte, non le cellule viventi stesse. La scoperta di cellule viventi è attribuita a Anton van Leeuwenhoek , che alla fine del 1600 usò i suoi microscopi migliorati per osservare organismi viventi come batteri, protozoi e globuli rossi.