* Mitocondri: Questi organelli, responsabili della respirazione cellulare, hanno il proprio DNA chiamato DNA mitocondriale (mtDNA) . Il mtDNA è circolare e codifica per le proteine coinvolte nella funzione mitocondriale.
* Cloroplasti: Nelle cellule vegetali, i cloroplasti, che sono responsabili della fotosintesi, hanno anche il loro DNA chiamato DNA di cloroplasti (cpDNA) . Il cpDNA è anche circolare e codifica per le proteine coinvolte nella fotosintesi.
È importante ricordare che si ritiene che questi organelli abbiano avuto origine da batteri viventi che sono stati inghiottiti da cellule eucariotiche miliardi di anni fa. Mantengono ancora il proprio DNA, che è separato dal DNA nucleare.