Mentre molti scienziati hanno contribuito alla comprensione dei batteri, la prima persona ad osservare e descrivere i batteri è stato Antonie van Leeuwenhoek nel 17 ° secolo.

Ha usato un semplice microscopio che si è costruito per esaminare l'acqua dello stagno, l'acqua piovana e i raschiature dai denti. Era stupito di vedere piccole creature che si muovevano, che chiamava "animali". Sebbene non capisse quali fossero queste creature, le sue osservazioni e descrizioni dettagliate hanno gettato le basi per studi futuri sui microrganismi.