1. Proteine:
* Sequenze di aminoacidi: Il confronto tra le sequenze di aminoacidi delle proteine omologhe (proteine con antenate condivise) può rivelare relazioni evolutive. Questo perché le mutazioni si accumulano nel tempo, con conseguenti differenze nelle sequenze di aminoacidi tra le specie.
* Struttura proteica: La struttura tridimensionale delle proteine può anche essere informativa. Salite strutture proteiche spesso riflettono la storia evolutiva condivisa.
2. Carboidrati:
* Struttura del polisaccaride: Sebbene meno comunemente usate rispetto alle proteine o al DNA, la struttura dei carboidrati complessi (come quelli trovati nelle pareti cellulari) può essere informativa, in particolare per lo studio delle relazioni tra specie strettamente correlate.
3. Lipidi:
* Composizione degli acidi grassi: La composizione degli acidi grassi nelle membrane può essere usata per studiare le relazioni evolutive, in particolare tra batteri e archea.
4. Metaboliti:
* Percorsi metabolici: Il confronto tra enzimi e percorsi coinvolti nel metabolismo può rivelare connessioni evolutive. Gli organismi con percorsi metabolici simili sono probabilmente più strettamente correlati.
5. Piccole molecole:
* Metaboliti secondari: Queste sono piccole molecole prodotte da organismi che non sono direttamente coinvolti nei processi metabolici essenziali ma spesso svolgono ruoli in difesa, segnalazione o altre funzioni. La presenza o l'assenza di metaboliti secondari specifici possono essere usati per dedurre le relazioni.
Fattori da considerare:
* Tasso evolutivo: Molecole diverse si evolvono a velocità diverse. Ad esempio, il DNA si evolve relativamente lentamente, mentre le proteine possono evolversi più rapidamente. La scelta della molecola dovrebbe essere appropriata per la scala temporale delle relazioni evolutive in fase di indagine.
* Disponibilità dei dati: La disponibilità di sequenza o dati strutturali per la molecola in questione è essenziale per l'analisi.
* Omologia: Garantire che le molecole che vengono confrontate siano veramente omologhe (condividere un antenato comune) è cruciale per un'inferenza evolutiva accurata.
È importante notare che l'uso di una combinazione di diverse fonti di dati molecolari fornisce la comprensione più robusta e completa delle relazioni evolutive. Questo approccio, noto come filogenomica , sfrutta i punti di forza di ogni tipo di molecola per creare un albero evolutivo più accurato e dettagliato.
