Tuttavia, è importante notare che la classificazione degli organismi nei regni è un sistema in qualche modo obsoleto. I moderni sistemi di classificazione, come il sistema a tre domini, hanno sostituito il tradizionale sistema a cinque re. Nel sistema a tre domini, i procarioti sono divisi in due domini: batteri e archaea .
Quindi, mentre "Monera" è ancora usato per riferirsi a procarioti, è più preciso affermare che i prokaryote appartengono ai batteri dei domini e all'archaea.