* Modifica dei siti di riconoscimento: Gli enzimi di restrizione spesso riconoscono sequenze di DNA brevi specifiche chiamate siti di riconoscimento. Questi siti sono in genere lunghi 4-8 coppie di basi. Per prevenire l'autocontrollo, il DNA batterico (dove hanno origine gli enzimi di restrizione) ha un meccanismo di difesa integrato. Queste sequenze di DNA sono modificate chimicamente (di solito mediante metilazione) da altri enzimi. Questa modifica "nasconde" il sito di riconoscimento dall'enzima di restrizione, impedendo che il legame e il taglio.
* metilazione: La metilazione è il processo di aggiunta di un gruppo metilico (CH3) a una base nella sequenza del DNA. Questa modifica altera la forma del DNA e la rende irriconoscibile all'enzima di restrizione.
* Specificità e protezione: Ogni enzima di restrizione ha una sequenza di riconoscimento specifica e il suo sistema di modifica è personalizzato per corrispondere. Ciò garantisce che l'enzima tagli il DNA estraneo (che di solito non è metilato) lasciando intatto il proprio DNA.
In sintesi: Non è che gli enzimi di restrizione non possano tagliare il proprio DNA, è che le loro cellule ospiti hanno evoluto i meccanismi (principalmente metilazione) per proteggere il proprio DNA dagli enzimi che producono. Ciò garantisce che l'enzima di restrizione possa effettivamente difendersi da virus invasori o altro DNA estraneo, senza danneggiare il materiale genetico dell'ospite.
