Mentre sono presenti in tutte le cellule eucariotiche, sono particolarmente abbondanti nelle cellule che sono coinvolte nella rompere i materiali, come ad esempio:
* globuli bianchi: I lisosomi aiutano a abbattere i batteri e altri agenti patogeni.
* cellule nel fegato e nei reni: I lisosomi aiutano a disintossicare il corpo e abbattere i prodotti di scarto.
* Macrofagi: Queste cellule inghiottono e abbattono detriti cellulari e agenti patogeni.
È importante notare che i lisosomi non si trovano nelle cellule procariotiche, che mancano di un nucleo e altri organelli legati alla membrana.