Ecco perché:
* I prokaryotes mancano di un nucleo e altri organelli legati alla membrana. Il sistema endomembrana è una rete di membrane interne che include l'inviluppo nucleare, il reticolo endoplasmatico, l'apparato del Golgi, i lisosomi, i vacuoli e le vescicole. Queste strutture sono tutte assenti nelle cellule procariotiche.
* Le cellule procariotiche sono più semplici nella struttura. Hanno un singolo cromosoma circolare situato in una regione nucleoide, ma questa regione non è racchiusa da una membrana. Le cellule procariotiche si basano sulla loro membrana cellulare per molte delle funzioni svolte dagli organelli interni nelle cellule eucariotiche.
Pertanto, mentre i procarioti hanno membrane interne, non hanno la rete complessa e interconnessa di membrane che definisce un sistema endomembrana.