* Rendimento ATP basso: La fermentazione produce una quantità molto piccola di ATP rispetto alla respirazione aerobica. Mentre la respirazione aerobica produce circa 36-38 molecole di ATP per molecola di glucosio, la fermentazione produce solo 2 molecole di ATP .
* Ripartizione incompleta del glucosio: La fermentazione scompone solo parzialmente il glucosio, lasciando molta energia potenziale inutilizzata. Ciò significa che gran parte dell’energia immagazzinata nel glucosio non viene utilizzata per la produzione di ATP.
* Produzione di prodotti di scarto: La fermentazione produce prodotti di scarto come l'acido lattico (negli animali) o l'etanolo (nel lievito). Questi sottoprodotti possono essere dannosi in alte concentrazioni e possono persino contribuire all'affaticamento muscolare in caso di accumulo di acido lattico.
Nel complesso, la fermentazione è un modo meno efficiente per generare energia rispetto alla respirazione aerobica. È un sistema di "backup" che consente agli organismi di sopravvivere in assenza di ossigeno.