BO3-3 è uno ione borato, che ha una geometria molecolare planare trigonale. L'atomo di boro è ibridato sp2, con tre orbitali ibridi sp2 equivalenti che formano legami sigma con i tre atomi di ossigeno. Il restante orbitale p sull'atomo di boro è vuoto e perpendicolare al piano dei tre atomi di ossigeno.