Le lagune hanno tipicamente uno o più collegamenti ristretti con l'oceano, noti come insenature. Il confine di una laguna è solitamente definito dal terreno che la circonda, comprese eventuali isole o banchi di sabbia che possono essere presenti all'ingresso. Inoltre, il confine può essere definito anche dalla profondità dell'acqua, poiché le lagune sono spesso corpi d'acqua poco profondi. Il confine di una laguna può essere definito anche dalle tipologie di piante e animali che la abitano. Ad esempio, alcune lagune potrebbero ospitare mangrovie o fanerogame marine, mentre altre potrebbero ospitare barriere coralline.