Krakatoa non si trova su una singola isola, ma piuttosto su un gruppo di isole Chiamate Isole di Krakatoa , situato nello stretto Sunda tra le isole di java e Sumatra in Indonesia.

L'eruzione che ha distrutto notoriamente l'isola originale di Krakatoa nel 1883 creò le isole attuali: Rakata , Sertung e anak krakatau , che significa "figlio di Krakatoa".