Gli antibiotici non vengono generalmente utilizzati per proteggere le mele dal fuoco batterico. Invece, possono essere utilizzati battericidi come la streptomicina o l'ossitetraciclina. Esiste il rischio che questi composti distruggano i microbi all’interno del microbioma dell’albero. Tuttavia, sono necessarie ulteriori ricerche per comprendere il pieno impatto dei battericidi sul microbioma della mela.