I batteri hanno un genoma ben definito, che è l'insieme completo di molecole di DNA che trasportano l'informazione genetica dell'organismo. I batteri non possiedono geni nascosti al di fuori del loro genoma. Tuttavia, i batteri possono acquisire nuovi geni attraverso il trasferimento genico orizzontale, in cui i geni vengono trasferiti tra diversi organismi, ad esempio attraverso l’assorbimento di DNA o virus estranei.