È difficile distinguere con precisione tra Protoceratops maschio e femmina basandosi esclusivamente su caratteristiche osservabili. A differenza di alcune specie in cui il dimorfismo sessuale è evidente nelle dimensioni o nelle caratteristiche fisiche, i Protoceratops non mostrano evidenti differenze esterne tra i sessi. Pertanto, può essere difficile determinare il sesso del Protoceratops senza un'analisi scientifica approfondita.