Raccogli dati :raccogliere dati di sequenze di DNA o proteine ​​da un gruppo eterogeneo di organismi, inclusi gli organismi di interesse e alcuni gruppi esterni per il confronto.

Allineamento di sequenze multiple :Allinea le sequenze per creare un allineamento di sequenze multiple. Questo allineamento dovrebbe considerare l'ordine e la somiglianza dei nucleotidi o degli amminoacidi.

Seleziona un metodo di creazione dell'albero: Scegli un metodo di costruzione dell'albero filogenetico, ad esempio Massima verosimiglianza, Neighbor-Joining o Inferenza bayesiana. Ciascun metodo utilizza diversi algoritmi e approcci statistici per calcolare le relazioni evolutive.

Costruisci l'albero :utilizza il metodo selezionato per costruire l'albero evolutivo. Il risultato sarà solitamente un diagramma o un cladogramma che rappresenta i modelli di ramificazione e le relazioni evolutive tra gli organismi studiati.

Analisi bootstrap (facoltativo) :eseguire il bootstrap per valutare il supporto statistico per i modelli di ramificazione nell'albero. L'analisi bootstrap ricampiona ripetutamente i dati per creare più alberi, fornendo valori di confidenza statistica (ovvero valori bootstrap) per ciascun ramo.

Radica l'albero :identificare e specificare la radice dell'albero. Questo è tipicamente un nodo ancestrale o un outgroup che rappresenta l'antenato comune più recente di tutti gli organismi nell'albero.

Interpreta l'albero :Analizzare i modelli e le lunghezze delle ramificazioni per dedurre relazioni evolutive, tempi di divergenza e potenziali antenati comuni. Identificare i cladi (gruppi di organismi che condividono un antenato comune) e la storia evolutiva delle specie studiate.

Perfeziona l'albero (facoltativo) :Se diventano disponibili dati aggiuntivi o vengono utilizzati parametri diversi, l'albero può essere perfezionato o aggiornato per migliorarne la precisione e la risoluzione.