Proteine Ago affettatrice (Ago2): Ago2 è la principale proteina Argonauta affettatrice negli esseri umani. Contiene un dominio PAZ (Piwi/Argonaute/Zwille) che si lega all'estremità 3' di piccoli RNA interferenti (siRNA) o microRNA (miRNA) e un dominio PIWI che scinde l'mRNA bersaglio. La scissione dell'mRNA mediata da Ago2 porta alla degradazione dell'mRNA e al silenziamento dell'espressione genica.
Proteine Ago non affettatrici (Ago1, Ago3 e Ago4): Ago1, Ago3 e Ago4 non hanno l'attività catalitica richiesta per la scissione dell'mRNA. Funzionano invece come guide per miRNA e siRNA, indirizzandoli ai loro mRNA bersaglio. Queste proteine Ago non affettatrici possono anche interagire con altre proteine per regolare l'espressione genica attraverso meccanismi che non comportano la scissione dell'mRNA.
La scelta se affettare o meno una molecola di mRNA dipende dalla specifica proteina Argonauta coinvolta e dal contesto cellulare. In generale, Ago2 è responsabile dell'affettamento degli mRNA presi di mira dai siRNA, mentre Ago1, Ago3 e Ago4 guidano i miRNA verso i loro mRNA bersaglio e regolano l'espressione genica attraverso meccanismi di non-affettamento.