2. Ciclo di Krebs (ciclo dell'acido citrico): Ciò avviene nella matrice dei mitocondri e comporta una serie di nove reazioni chimiche. Durante il ciclo di Krebs, le molecole di piruvato provenienti dalla glicolisi vengono ulteriormente scomposte in anidride carbonica e ATP. Questo processo comporta anche la generazione di NADH, FADH2 e GTP.
3. Fosforilazione ossidativa: Ciò avviene nella membrana interna dei mitocondri e coinvolge una serie di quattro complessi. Durante la fosforilazione ossidativa, le molecole NADH e FADH2 provenienti dalla glicolisi e dal ciclo di Krebs vengono utilizzate per generare ATP. Questo processo porta anche alla produzione di acqua.