La parte di un enzima che si lega al substrato è chiamata sito attivo. Il sito attivo è una regione specifica dell'enzima responsabile della catalizzazione della reazione chimica eseguita dall'enzima. Il sito attivo contiene residui aminoacidici che interagiscono con il substrato e facilitano la reazione. Questi residui di amminoacidi sono disposti in modo specifico per creare una tasca o fessura complementare al substrato. Il substrato si lega al sito attivo attraverso vari tipi di interazioni come il legame idrogeno, il legame ionico, le forze di van der Waals e le interazioni idrofobiche. Il legame del substrato al sito attivo induce cambiamenti conformazionali nell'enzima, che portano i gruppi catalitici dell'enzima in stretta prossimità con il substrato. Ciò consente all'enzima di catalizzare la reazione chimica e convertire il substrato in prodotti.