La sequenza anticodone del tRNA deve essere complementare alla sequenza codone dell'mRNA. Ciò significa che le basi nell'anticodone devono essere in grado di formare legami idrogeno con le basi nel codone. Ad esempio, l'anticodone UAC sarebbe in grado di legarsi al codone AUG, perché la U nell'anticodone formerebbe legami idrogeno con la A nel codone, e la C nell'anticodone formerebbe legami idrogeno con la G nel codone.

Oltre alla sequenza dell'anticodone, anche la struttura complessiva della molecola di tRNA gioca un ruolo nel determinare se può legarsi o meno a un mRNA. La molecola di tRNA deve essere in grado di ripiegarsi in una forma specifica che consenta all'anticodone di essere esposto e accessibile all'mRNA. Questa forma è determinata dalle interazioni tra le diverse basi nella molecola di tRNA, nonché dalle interazioni tra la molecola di tRNA e altre proteine.

Infine, il legame di una molecola di tRNA ad un mRNA è influenzato anche dalla presenza di altre molecole, come gli ioni magnesio e il GTP. Queste molecole aiutano a stabilizzare l'interazione tra il tRNA e l'mRNA e aiutano anche a garantire che la molecola di tRNA corretta sia legata all'mRNA.