Nelle cellule eucariotiche, l'mRNA si trova nel citoplasma, in particolare nelle regioni vicine ai ribosomi, dove avviene la sintesi proteica. Dopo la trascrizione nel nucleo, le molecole di mRNA vengono trasportate nel citoplasma attraverso i pori nucleari. Successivamente si legano ai ribosomi, dove fungono da modelli per la sintesi proteica.