Nel 1665, pubblicò le sue osservazioni nel suo libro "Micrographia", dove descriveva la struttura di Cork come composta da piccoli scomparti che chiamava "cellule" perché gli ricordavano le cellule in un monastero. Sebbene non sia stata la prima persona a usare un microscopio, le sue osservazioni dettagliate e la pubblicazione sono state cruciali per stabilire le basi per lo studio delle cellule.
