* phylum sarcomastigophora: Questo phylum include amebe, che si muovono usando pseudopodia e flagellati, che usano il flagello per il movimento.
* phylum apicomplexa: Questi sono protozoi parassiti con un ciclo di vita complesso, spesso coinvolgendo più ospiti. Esempi includono Plasmodium, l'agente causale della malaria.
* phylum cilioophora: Questi protozoi usano le ciglia per il movimento e l'alimentazione. Hanno strutture complesse e possono essere trovati in una varietà di ambienti acquatici.
* Phylum Microspora: Questo phylum comprende parassiti intracellulari obbligatori che possono infettare una vasta gamma di ospiti, compresi gli esseri umani.
Mentre questi sono i principali phyla, ci sono anche altri phyla che sono meno comunemente studiati o accettati, come phylum myxozoa e phylum ascetospora .
È importante ricordare che la classificazione dei protozoi è in continua evoluzione e nuove informazioni possono portare a cambiamenti nel sistema stabilito.