* Natura microscopica: Archaea e batteri sono organismi single a celle, invisibili ad occhio nudo. I microscopi non erano abbastanza avanzati nel tempo di Linnaeus per osservare e differenziare queste piccole forme di vita.
* Somiglianze: I batteri e l'archaea condividono alcune somiglianze superficiali nella loro morfologia (forma e struttura). Linnaeus raggruppò tutti gli organismi mono-cellulari che osservava sotto il regno "animalecule" (successivamente ribattezzato "Monera").
* Comprensione limitata della biochimica: Le differenze fondamentali tra archaea e batteri, in particolare la loro biochimica e la loro genetica, non sono state scoperte fino a molto tempo dopo. I distinti percorsi evolutivi e le caratteristiche biochimiche uniche di archea non erano conosciute a Linnaeus.
In sintesi: Il sistema di Linnaeus si basava sul mondo macroscopico che poteva osservare direttamente. La scoperta e la comprensione di microrganismi come archaea e batteri erano possibili solo con lo sviluppo di microscopi avanzati e tecniche biochimiche, molto tempo dopo il tempo di Linnaeus.
