Questa classificazione si basava sul fatto che entrambi i gruppi sono procariotici, il che significa che mancano di un nucleo e di altri organelli legati alla membrana. Tuttavia, ulteriori ricerche hanno rivelato differenze significative nelle loro strutture cellulari, biochimica e genetica, portando alla separazione di eubatteri (ora semplicemente batteri) e archebatteri (ora semplicemente archaea) in regni separati.