In particolare, quelli che causano malattie sono chiamati protozoi patogeni . Sono responsabili di una vasta gamma di infezioni nell'uomo e negli animali. Alcuni esempi di protozoi patogeni includono:
* Amoebas (come _entamoeba histolytica_) che causano amebiesi, un'infezione intestinale grave.
* Flagellates (come _Giardia lamblia_) che causano la giardiasi, un'infezione intestinale comune.
* Sporozoans (come _Plasmodium falciparum_) che causano malaria, una malattia mortale trasmessa dalle zanzare.
* ciliates (come _Balantidium coli_) che può causare dissenteria, un'infezione intestinale.
Questi protozoi causano danni rilasciando enzimi o tossine che uccidono le cellule e interrompono la funzione dei tessuti.
