1. Gruppo fosfato: Questo è un gruppo caricato negativamente che dà ai nucleotidi le loro proprietà acide. È anche importante per le funzioni di accumulo di energia e trasferimento dei nucleotidi.

2. Gruppo di zucchero: Questo è uno zucchero a cinque carbonio, ribosio (in RNA) o deossiribosio (nel DNA). Lo zucchero fornisce la struttura della spina dorsale del nucleotide e consente l'attacco della base.

3. Base azotata: Questa è una struttura ad anello eterociclica contenente atomi di azoto. Esistono cinque tipi principali di basi azotate:adenina (A), guanina (G), citosina (C), timina (T) e uracile (U). La base specifica attaccata allo zucchero determina l'identità del nucleotide.

Questi tre gruppi funzionali sono collegati insieme per formare una singola molecola nucleotidica. Il gruppo fosfato è attaccato al carbonio 5 'dello zucchero, la base azotata è attaccata al carbonio 1' dello zucchero e il gruppo idrossilico al carbonio 3 'dello zucchero è disponibile per il legame con il gruppo fosfato del prossimo nucleotide in una catena.