Il termine "nucleo" deriva dalla parola latina "nucleo" , che significa "kernel" o "dado" . Questo è un descrittore adatto perché il nucleo è la parte centrale ed essenziale di un atomo, proprio come il kernel è la parte centrale ed essenziale di un dado.

Il termine fu usato per la prima volta nel 1800 per descrivere la parte centrale di una cellula e successivamente applicato alla parte centrale di un atomo. Ciò evidenzia il ruolo fondamentale che il nucleo svolge nelle strutture sia biologiche che atomiche.