È difficile dire in modo definitivo che è il microrganismo più piccolo * assoluto * visibile solo dal microscopio elettronico, poiché vengono costantemente fatte nuove scoperte. Tuttavia, alcuni contendenti per questo titolo includono:

* Virus: Questi sono generalmente considerati i più piccoli agenti infettivi e sono spesso troppo piccoli per essere visti con un microscopio ottico. I picovirus (come il poliovirus) sono tra i più piccoli virus noti, con diametri intorno a 20-30 nanometri.

* Nanobacteria: Queste sono entità controverse che alcuni scienziati credono siano batteri estremamente piccoli, possibilmente misurando solo 50-100 nanometri di diametro. Tuttavia, la loro esistenza e la loro classificazione come batteri sono ancora discusse.

* Viroids: Questi sono persino più piccoli dei virus, costituiti da solo un corto filamento di RNA senza alcun mantello proteico. Possono essere piccoli come 246 nucleotidi, che si traducono in circa 10 nanometri di lunghezza.

È importante notare che questi sono solo alcuni esempi e la ricerca in corso in microbiologia rivela costantemente microrganismi nuovi e più piccoli.