Cosa sono i database secondari?
I database secondari sono raccolte di informazioni pre-computate derivate da fonti di dati biologici primari. Sono progettati per fornire approfondimenti e facilitare analisi che sarebbero difficili o richiedono tempo da ottenere direttamente dai dati grezzi.
Caratteristiche chiave:
* derivato dai dati primari: Sono creati elaborando e integrando i dati da database primari (ad es. Database di sequenze come GenBank).
* organizzato e strutturato: Le informazioni sono organizzate in specifiche categorie e formati, rendendo più facile la ricerca e l'analizzazione.
* Informazioni a valore aggiunto: Offrono annotazioni, previsioni e interpretazioni basate sui dati primari, fornendo approfondimenti più profondi.
Esempi di database secondari:
Ecco una selezione di database secondari, classificati per focus:
* Analisi e annotazione della sequenza:
* UniProt: Sequenza proteica e informazioni funzionali.
* interpro: Famiglie di proteine, domini e siti funzionali.
* Go (Gene Ontology): Classificazione gerarchica della funzione genica.
* kegg: Percorsi metabolici e funzioni geniche.
* pfam: Famiglie proteiche.
* Genoma ed espressione genica:
* ensembl: Assemblee del genoma, annotazioni geniche e dati di espressione genica.
* browser genoma UCSC: Visualizzazione e esplorazione dei dati genomici.
* geo (espressione genica omnibus): Repository di dati di sequenziamento di microarray e RNA.
* ArrayExpress: Repository di dati di microarray.
* Interazioni e reti proteina-proteina:
* String: Interazioni e reti proteina-proteina.
* Biogrid: Interazioni proteina-proteina e interazioni genetiche.
* Scoperta di farmaci e identificazione del bersaglio:
* Drugbank: Database completo delle informazioni sui farmaci.
* Chembl: Molecole simili a farmaci e le loro attività biologiche.
* pubchem: Strutture chimiche e attività biologiche.
* Genomica comparativa ed evoluzione:
* browser tassonomio NCBI: Classificazione gerarchica degli organismi.
* PhyloTree: Alberi filogenetici di organismi.
* Treebase: Repository di alberi filogenetici.
Vantaggi dei database secondari:
* Risparmio di tempo: Forniscono informazioni pre-elaborate e organizzate, risparmiando tempo e sforzi ai ricercatori.
* Analisi migliorata: Annotazioni, previsioni e relazioni facilitano analisi e comprensione più profonde.
* Integrazione di diversi dati: I database secondari spesso integrano informazioni da più fonti, fornendo una visione completa.
* Formati standardizzati: I dati sono in genere presentati in formati standardizzati, promuovendo coerenza e compatibilità.
Scegliere il database giusto:
La scelta del database secondario dipende dalla domanda di ricerca e dal tipo di dati specifici. Considera quanto segue:
* Tipo di dati: Sequenze proteiche, dati genomici, espressione genica, ecc.
* Ambito: Organismi specifici, percorsi, malattie o domini biologici più ampi.
* Informazioni necessarie: Annotazioni, previsioni, interazioni, ecc.
* Qualità dei dati e affidabilità: Assicurarsi che il database sia ben mantenuto e fornisca informazioni accurate.
In sintesi:
I database secondari sono essenziali per la ricerca bioinformatica. Forniscono preziose informazioni pre-computate, annotazioni e approfondimenti, facilitando un'analisi e comprensione efficienti dei dati. Scegli il database giusto in base alle tue esigenze di ricerca e sfrutta il suo potenziale per scoperte significative.
