1. Tecniche molecolari:
* Sequenziamento diretto: Il DNA può essere estratto direttamente da campioni ambientali (suolo, acqua, ecc.) E sequenziato. Ciò consente ai ricercatori di identificare le specie presenti, anche se non possono essere coltivate in un laboratorio.
* PCR (reazione a catena della polimerasi): Sequenze di DNA specifiche possono essere amplificate da campioni ambientali usando la PCR, consentendo il rilevamento e l'identificazione di batteri specifici.
* Metagenomics: L'intero materiale genetico (DNA) di un campione ambientale è sequenziato, consentendo l'identificazione di tutte le specie batteriche presenti, comprese quelle non coltivabili.
* MetatranScriptomics: Questa tecnica analizza l'RNA presente in un campione ambientale, fornendo informazioni sui geni che vengono attivamente espressi dai batteri, offrendo approfondimenti sulle loro funzioni e interazioni.
2. Tecniche microscopiche:
* Ibridazione in situ fluorescenza (pesce): Le sonde fluorescenti che si legano a sequenze di DNA specifiche vengono utilizzate per visualizzare i batteri all'interno del loro ambiente naturale. Questa tecnica consente ai ricercatori di identificare e quantificare batteri specifici senza bisogno di coltivarli.
* Microscopia elettronica (EM): EM fornisce immagini ad alta risoluzione di batteri, rivelando la loro morfologia e caratteristiche strutturali. Mentre EM non è in grado di identificare direttamente le specie, può aiutare a classificare i batteri in base al loro aspetto.
3. Saggi funzionali:
* Etichettatura isotopica: Gli isotopi stabili (come 13C o 15N) vengono utilizzati per tracciare il metabolismo dei batteri all'interno di un campione ambientale. Ciò consente ai ricercatori di studiare i ruoli funzionali dei batteri nell'ecosistema, anche se non possono essere coltivati.
4. Culture di arricchimento:
* Simulazione di ambienti specifici: Le condizioni ambientali sono simulate in laboratorio per favorire la crescita di batteri specifici. Questo metodo non comporta una cultura completa ma può arricchire la popolazione di alcuni batteri, rendendo più facile il loro studio.
5. Tecniche di co-coltura:
* Crescere con altri organismi: Alcuni batteri richiedono la presenza di altri organismi per crescere. Co-coltivando con specie conosciute, i ricercatori possono talvolta coltivare con successo batteri precedentemente non coltivabili.
È importante notare che questi metodi hanno ciascuno i loro punti di forza e limitazioni. Spesso, una combinazione di approcci viene utilizzata per ottenere una comprensione più completa dei batteri presenti in un ambiente particolare.
