Mentre ci sono anche alcuni funghi, virus e archaea nell'intestino, i batteri costituiscono la stragrande maggioranza (stimati come trilioni di batteri). Questi batteri appartengono a migliaia di specie diverse, con il Phyla più comune:
* Bacteroidetes: Questi batteri svolgono un ruolo nel rompere i carboidrati complessi e nella produzione di acidi grassi a catena corta.
* Firmicutes: Questi batteri sono coinvolti nella produzione di vitamine e nella rottura delle fibre alimentari.
* Actinobacteria: Questi batteri contribuiscono allo sviluppo del sistema immunitario e aiutano con l'assorbimento dei nutrienti.
* Proteobacteria: Mentre alcuni proteobatteri sono benefici, altri possono essere patogeni e contribuire all'infiammazione intestinale.
La composizione specifica della flora intestinale varia da persona a persona, influenzata da fattori come genetica, dieta, stile di vita e farmaci.
