* Mitocondri: Questi organelli, spesso chiamati "centrali elettriche della cellula", hanno il loro DNA, chiamato DNA mitocondriale (mtDNA). Il mtDNA è circolare e codifica per alcune delle proteine coinvolte nella respirazione cellulare.
* cloroplasti (nelle piante): Simile ai mitocondri, i cloroplasti, che sono responsabili della fotosintesi, contengono anche il proprio DNA chiamato DNA cloroplasto (cpDNA).
* Altri compartimenti cellulari: Sebbene meno comuni, a volte si possono trovare tracce di DNA in altri compartimenti cellulari come il citoplasma, sebbene questo sia di solito il risultato di danni cellulari o specifici processi cellulari.
È importante notare che queste molecole di DNA extranucleare (mtDNA e cpDNA) sono distinte dal DNA nucleare e hanno le proprie caratteristiche e funzioni uniche.