* Batteri: Molti batteri, in particolare quelli che vivono in ambienti poveri di ossigeno, fanno affidamento sulla respirazione anaerobica.
* Archaea: Come i batteri, alcuni archaea utilizzano la respirazione anaerobica per generare energia.
* lievito: Il lievito è un tipo di fungo in grado di eseguire la respirazione sia aerobica che anaerobica, quest'ultima nota come fermentazione.
* Parasiti: Alcuni organismi parassiti, come il pioniere parassita *Ascaris lumbricoides *, utilizzano la respirazione anaerobica in ambienti privati di ossigeno all'interno dei loro ospiti.
* cellule muscolari (negli animali): Durante l'intenso esercizio fisico, quando l'approvvigionamento di ossigeno è limitato, le cellule muscolari possono passare alla respirazione anaerobica (fermentazione di acido lattico) per produrre energia.
È importante notare che mentre molti organismi possono eseguire la respirazione anaerobica, non è la loro principale modalità di produzione di energia. La maggior parte degli organismi preferisce la respirazione aerobica, che è molto più efficiente nella produzione di energia.