Il processo che si è verificato frequentemente nella storia antica dei tre domini sulla Terra e rende la determinazione delle relazioni filogenetiche che il tempo è difficile è trasferimento genico orizzontale (HGT) .

Ecco perché:

* Early Earth era una zuppa di condivisione del gene: All'inizio della vita sulla Terra, l'ambiente era molto diverso. Gli organismi erano più semplici e le membrane cellulari erano più permeabili. Ciò ha permesso il libero scambio di materiale genetico tra diversi lignaggi, anche tra i domini.

* Offocatura le linee degli antenati: HGT è il trasferimento di materiale genetico tra organismi che non sono direttamente correlati attraverso la discesa. Questo processo sfoca le linee degli antenati tradizionali, rendendo difficile tracciare la storia evolutiva di un gene o organismo.

* Storie evolutive complicate: HGT introduce complesse relazioni evolutive, in cui un gene in un organismo potrebbe aver avuto origine da un lignaggio completamente diverso. Ciò rende difficile ricostruire l'albero della vita basato esclusivamente su sequenze geniche.

Per riassumere: Mentre il trasferimento genico verticale (dal genitore alla prole) è la modalità primaria dell'eredità, HGT è stato un fattore significativo nell'evoluzione precoce della vita sulla Terra. Complica in modo significativo gli sforzi per comprendere le relazioni evolutive tra i tre settori (batteri, Archaea ed Eucarya).