Il flagello sono strutture simili a fruste che ruotano per spingere i batteri attraverso il suo ambiente. Sono realizzati in proteine e possono essere disposti in diversi motivi, come un singolo flagello ad un'estremità (monotrichous), un ciuffo di flagelli a un'estremità (lophotrichous), flagella su tutta la superficie (peritrichous) o un flagello ad ogni estremità (amfitricho).