Quando un fenotipo è influenzato da due o più geni è considerato un tratto poligenico. Questa complessità deriva dal fatto che ciascun gene che contribuisce può variare nella sua forza di espressione e può interagire con altri geni, portando a una gamma continua di risultati osservabili.
I classici esperimenti di Gregor Mendel con le piante di pisello hanno rivelato che molti tratti sono governati da un singolo gene, seguendo semplici schemi dominante-recessivi. Al contrario, la maggior parte delle caratteristiche umane, come l'altezza, il colore degli occhi e il tono della pelle, sono il risultato di un'eredità poligenica, in cui più geni e fattori ambientali insieme producono uno spettro di fenotipi.
Identificare tutti i geni che influenzano un tratto poligenico è impegnativo perché tali geni possono risiedere sullo stesso cromosoma o su cromosomi diversi e possono essere strettamente collegati o ampiamente dispersi. Inoltre, un singolo gene può possedere più di due alleli, complicando ulteriormente i modelli di ereditarietà.
Mentre il genotipo stabilisce una suscettibilità di base, i fattori ambientali – alimentazione, esposizione al sole, temperatura e stile di vita – modulano il fenotipo finale. Ad esempio, la pigmentazione della pelle varia continuamente e viene ulteriormente scurita dall'esposizione ai raggi ultravioletti.
Gli individui che condividono varianti genetiche identiche possono ancora mostrare fenotipi diversi a causa dell'espressività variabile e della penetranza incompleta. I trigger ambientali o i geni modificatori possono amplificare o sopprimere l'espressione di un tratto.
Molte malattie ereditarie mostrano un’interazione poligenica o gene-ambiente. Ad esempio, la fenilchetonuria (PKU) è dovuta a un difetto genetico, ma una dieta a basso contenuto di fenilalanina può prevenirne le manifestazioni cliniche. Allo stesso modo, la colorazione della pelliccia dipendente dalla temperatura nei gatti siamesi illustra come l'ambiente può alterare il risultato fenotipico.