Alcuni dei potenziali contaminanti presenti nella Laguna del fiume Indiano includono:
* Nutrienti: I nutrienti in eccesso provenienti dai fertilizzanti e dal deflusso delle acque reflue possono portare alla fioritura di alghe e ad altri problemi di qualità dell’acqua. Le fioriture algali possono produrre tossine che possono essere dannose per l’uomo e la fauna selvatica.
* Batteri: I batteri provenienti dai rifiuti umani e animali possono contaminare la laguna e causare malattie gastrointestinali nelle persone che entrano in contatto con l'acqua.
* Pesticidi: Anche i pesticidi utilizzati in agricoltura e nella cura dei prati possono contaminare la laguna e rappresentare un rischio per la salute degli esseri umani e della fauna selvatica.
* Metalli pesanti: Metalli pesanti come piombo e mercurio possono accumularsi nei tessuti dei pesci e di altri organismi acquatici e possono rappresentare un rischio per la salute degli esseri umani che consumano questi organismi.
Il FDEP consiglia alle persone di seguire sempre gli ultimi avvisi sanitari quando nuotano, pescano o svolgono altre attività nella Laguna del fiume Indiano. Il dipartimento incoraggia inoltre le persone ad adottare misure per ridurre il proprio impatto ambientale, come l’uso parsimonioso di fertilizzanti e pesticidi e lo smaltimento corretto dei rifiuti umani e animali.