Riassunto:
L’attuale pandemia di COVID-19 causata dal virus SARS-CoV-2 ha creato l’urgente necessità di interventi terapeutici efficaci. La pradimicina A, un prodotto naturale isolato dagli Streptomyces, ha mostrato una promettente attività antivirale contro vari virus con involucro, incluso SARS-CoV-2, prendendo di mira l’N-glicano virale. Tuttavia, i dettagli molecolari di come la pradimicina A interagisce con l’N-glicano e inibisce l’ingresso virale rimangono poco chiari. Abbiamo eseguito docking molecolare, simulazioni di dinamica molecolare ed esperimenti di risonanza plasmonica di superficie (SPR) per studiare la base molecolare del legame della pradimicina A con l’N-glicano SARS-CoV-2. I nostri risultati suggeriscono che la pradimicina A forma complessi stabili con l'N-glicano attraverso legami idrogeno, interazioni elettrostatiche e contatti idrofobici. In particolare, le porzioni 2,6-diamminoglucosio e 3,4,6-triidrossifenile della pradimicina A svolgono un ruolo cruciale nel legame con l'N-glicano. Inoltre, gli esperimenti SPR hanno confermato l'interazione diretta tra pradimicina A e N-glicano. Nel complesso, il nostro studio fornisce approfondimenti sui meccanismi molecolari alla base dell’attività antivirale della pradimicina A e ne evidenzia il potenziale come composto principale per lo sviluppo di nuovi inibitori dell’ingresso SARS-CoV-2.
