Il termine "protone" fu introdotto per la prima volta dal fisico Ernest Rutherford nel 1920, in seguito ai suoi esperimenti sulla diffusione delle particelle alfa da parte degli atomi di azoto. Gli esperimenti di Rutherford fornirono la prova dell'esistenza di un piccolo nucleo carico positivamente all'interno degli atomi, ed egli suggerì il nome "protone" per questa particella carica positivamente. Il termine "protone" deriva dalla parola greca "protos", che significa "primo" o "primario", riflettendo il suo ruolo di elemento fondamentale della materia.