La ciprofloxacina è un farmaco scarsamente solubile in acqua. È praticamente insolubile in acqua, scarsamente solubile in metanolo ed etanolo e leggermente solubile in cloruro di metilene. La sua solubilità dipende fortemente dal pH della soluzione, con una solubilità massima a pH 4-6. Questo perché la ciprofloxacina è uno zwitterione, ovvero contiene sia una carica positiva che una negativa. A pH basso la carica positiva del gruppo amminico viene protonata, rendendo la molecola più solubile in acqua.

L'HCl viene utilizzato per dissolvere la polvere di ciprofloxacina perché abbassa il pH della soluzione, aumentando così la solubilità del farmaco. L'HCl reagisce con l'acqua per formare ioni idronio (H3O+), che poi protonano il gruppo amminico della ciprofloxacina. Ciò determina la formazione di ciprofloxacina cloridrato, che è più solubile in acqua rispetto alla forma base libera del farmaco.

La quantità di HCl necessaria per sciogliere la polvere di ciprofloxacina dipenderà dalla concentrazione desiderata della soluzione del farmaco. Ad esempio, per preparare una soluzione da 10 mg/ml di ciprofloxacina, sono necessari circa 1,5 ml di HCl 1 N per grammo di polvere di ciprofloxacina.