Concentrandosi sui contributi funzionali di varie istituzioni e pratiche sociali, il funzionalismo strutturale può trascurare i modi in cui queste strutture possono anche perpetuare la disuguaglianza, l’oppressione e l’ingiustizia sociale. Può non riuscire a tenere conto delle esperienze e delle prospettive di gruppi e individui emarginati che potrebbero non beneficiare o non essere ben serviti dall’ordine sociale esistente.
Inoltre, l’approccio può essere criticato perché troppo deterministico, poiché implica che le strutture e le istituzioni sociali abbiano uno scopo fisso e immutabile. Ciò può trascurare la natura dinamica ed in evoluzione dei sistemi sociali, così come l’azione e la creatività degli individui e dei gruppi nel plasmare le proprie realtà sociali.