Il carbonio si trova nell’acqua e nei sedimenti di laghi, fiumi, ruscelli, estuari, oceani profondi, falde acquifere e falde acquifere, calotte polari e zone umide. Il carbonio in questi sistemi acquatici può essere classificato come materia organica disciolta, materia organica particellare e materia inorganica o organismi viventi come batteri, diatomee, dinoflagellati, pesci, funghi, piante acquatiche, zooplancton, alghe, gamberi, cozze, meduse, leoni marini, trichechi, squali, balene, tartarughe, ecc.