Mancanza di prove sperimentali: La teoria si basava fortemente su osservazioni qualitative e mancava di prove sperimentali quantitative a sostegno delle sue affermazioni. C'erano molte incongruenze e osservazioni inspiegabili che non si adattavano bene alla teoria.
Combustione e guadagno di massa: Una delle contraddizioni fondamentali della teoria del flogisto era che proponeva che i materiali combustibili rilasciassero flogisto durante la combustione, ma i prodotti della combustione erano spesso più pesanti delle sostanze originali. Questa osservazione contraddiceva l'idea che il flogisto avesse massa negativa.
Natura del flogisto: La natura del flogisto rimase vaga e poco definita. Alcuni sostenitori lo descrivevano come una sostanza materiale, mentre altri lo consideravano un principio o un'entità. La mancanza di una definizione chiara ha reso difficile condurre rigorosi esperimenti scientifici per verificarne l'esistenza.
Spiegazioni incoerenti: La teoria del flogisto faticava a spiegare alcuni fenomeni chimici, come la produzione di diversi gas durante la combustione e il ruolo dell'ossigeno in queste reazioni. Man mano che si apprese di più sulla composizione dell'aria e sul coinvolgimento dei gas nelle reazioni chimiche, i limiti della teoria del flogisto divennero evidenti.
Esperimenti di Lavoisier: Gli esperimenti condotti da Antoine Lavoisier e dai suoi contemporanei giocarono un ruolo cruciale nel confutare la teoria del flogisto. Le misurazioni meticolose e l'analisi quantitativa di Lavoisier hanno dimostrato che la massa viene conservata durante le reazioni chimiche, contraddicendo l'idea del rilascio del flogisto e della perdita di peso.
Nel complesso, la mancanza di prove sperimentali, le incongruenze nella spiegazione della combustione e dei cambiamenti di massa, una definizione poco chiara di flogisto e le contraddizioni messe in luce dalle scoperte successive portarono infine alla caduta della teoria del flogisto e aprirono la strada allo sviluppo della chimica moderna.