Le conifere producono fiori, ma non sono così vistosi o colorati come i fiori di molte piante da fiore. I fiori delle conifere sono chiamati coni. I coni maschili e femminili vengono prodotti su rami separati dell'albero. I coni maschili producono il polline, mentre i coni femminili producono i semi.

I semi delle conifere vengono prodotti nei coni femminili. Ogni cono femminile contiene un numero di scaglie e ciascuna scaglia porta due ovuli. Gli ovuli vengono fecondati dal polline dei coni maschili e gli ovuli fecondati si sviluppano in semi. I semi vengono dispersi dal vento o dagli animali.