Il protocollo inizia con il trattamento con Vortex Fluidic Device (VFD) di una miscela di proteinasi K e il congelato, poi tessuto rotto. La miscela di reazione viene quindi elaborata per rimuovere i solidi e gli inibitori della DNA polimerasi. Il DNA recuperato viene quindi purificato e concentrato. Finalmente, il DNA è amplificato, quantificato, e caratterizzato da (B) qPCR e (C) sequenziamento del DNA dei campioni. Credito:PLOS ONE
Il DNA negli esemplari conservati del museo può consentire agli scienziati di esplorare la storia delle specie e l'impatto delle scienze umane sull'ecosistema, ma i campioni sono tipicamente conservati in formaldeide che può danneggiare il DNA e rendere molto difficile il recupero.
I ricercatori hanno utilizzato un dispositivo fluidico a vortice (VFD) per accelerare l'estrazione del DNA da un'aragosta americana conservata nella formaldeide, con i risultati che forniscono una tabella di marcia per esplorare il DNA di milioni di specie preziose e persino estinte nei musei di tutto il mondo.
La candidata al dottorato di ricerca Flinders Jessica Phillips afferma che l'elaborazione del tessuto conservato da campioni museali nel VFD rompe le proteine, rilasciando DNA che offre importanti informazioni genetiche storiche.
"L'estrazione del DNA si ottiene elaborando il tessuto conservato in una soluzione enzimatica nel VFD. Questo enzima rompe le proteine, liberando il DNA che può essere analizzato. Utilizzando il VFD siamo in grado di accelerare questo processo da giorni a ore, "dice la signora Phillips.
"Per 150 anni questi campioni sono stati conservati in formaldeide che può danneggiare il DNA e anche rendere difficile il recupero del DNA. Abbiamo utilizzato l'energia meccanica in un dispositivo fluidico a vortice (VFD) per accelerare l'estrazione elaborando il tessuto conservato in una soluzione enzimatica in il VFD."
Questo lavoro è una collaborazione tra l'Università della California, Irvine (UCI), Il Dipartimento di Biologia Organismica ed Evoluzionistica dell'Università di Harvard, e Flinders University.
Jessica Phillips con Vortex Fluidic Device alla Flinders University. Credito:Flinders University
I ricercatori affermano che i risultati forniscono una tabella di marcia per esplorare il DNA di milioni di specie storiche e persino estinte nei musei di tutto il mondo.
Il professore di ricerca sulla tecnologia pulita, Colin Raston, afferma che il lavoro si basa sul corpo di circa 80 articoli che il suo gruppo di ricerca ha pubblicato sul dispositivo fluidico a vortice.
"Le applicazioni del VFD sono in rapida espansione, ma questo è stato possibile solo per collaborazione interna. L'applicazione per l'estrazione del DNA ha comportato la collaborazione con altri due laboratori di ricerca guidati dal professor Greg Weiss all'UCI e dal professor Peter Girguis ad Harvard".
"Abbiamo solo scalfito la superficie su ciò che è possibile per questo dispositivo, "dice il professor Raston."
