Tuttavia, circa 2,6 milioni di anni fa, il Megalodonte scomparve misteriosamente dalla documentazione fossile. Le ragioni della sua estinzione non sono del tutto chiare, ma potrebbero aver contribuito diversi fattori, tra cui i cambiamenti climatici, la concorrenza di altri predatori e il declino delle sue riserve di cibo.
Una recente scoperta che ha fatto luce sulle possibili cause dell'estinzione del Megalodonte è il ritrovamento di denti fossilizzati di Megalodonte con livelli insolitamente alti di mercurio. Ciò suggerisce che il Megalodonte potrebbe essere stato avvelenato dal mercurio derivante dall'attività vulcanica o da altre fonti.
Inoltre, l'aumento della temperatura del mare durante il tardo Pliocene e l'inizio del Pleistocene potrebbe aver contribuito alla scomparsa del Megalodonte. Con il riscaldamento degli oceani, le specie di prede preferite del Megalodonte potrebbero essersi spostate verso acque più fredde, costringendo il Megalodonte ad adattarsi o a trovare nuove fonti di cibo.
Il declino del Megalodonte potrebbe aver avuto un effetto a cascata anche su altre popolazioni di squali. Con la scomparsa di questo grande predatore, altre specie di squali potrebbero aver dovuto affrontare una minore concorrenza e sperimentare un’esplosione demografica. Ciò potrebbe aver portato ad un aumento della predazione sui mammiferi marini e su altre specie di prede, distruggendo potenzialmente gli ecosistemi marini.
L'estinzione del Megalodonte serve a ricordare che anche i predatori più potenti e di successo possono essere vulnerabili ai cambiamenti nel loro ambiente. Evidenzia inoltre l’interconnessione degli ecosistemi marini e il potenziale per i principali predatori di svolgere un ruolo cruciale nel mantenimento dell’equilibrio ecologico.